보건과학부는 2년제 또는 3년제 보건계열 전문대학 졸업자들에게 학사학위 취득의 기회를 제공함으로써 평생교육을 실천하고자 특별학사학위과정으로 1998년도에 설립되었다. 설립당시에는 의료경영분여, 임상병리학 분야, 물리치료학 분야의 3개 전공으로 운영되었으나, 2021년 현재 보건과학부는 분자진단과학전공과 재활보건학전공으로 구성되어 있으며, 보건계 전문대학 이상 졸업자(예정자)중 의료기사 면허증(임상병리사, 물리치료사, 작업치료사)을 취득하거나 취득 자격이 있는 사람이 해당전공에 지원할 수 있다. 학생들은 3학년으로 편입한 후 2년 동안의 교육과정을 통해 연세대학교 학사학위를 취득하게 되며. 학생들이 직장생활을 하면서 학사학위를 취득할 수 있도록 모든 강의가 화요일과 목요일 야간에 진행되고 있다. 

2021년 보건과학대학이 소프트웨어디지털헬스케어융합대학으로 확대 개편 됨에 따라, 2022년을 목표로 디지털헬스케어 전문가 양성이란 사회적 요구에 발 맞추어 새로운 전공의 신설과 기존 전공들의 커리큘럼 개편이 진행중에 있다.