보건과학대학원은 보건과학대학을 모체로 하여 직장인을 대상으로 하는 특수대학원이다. 비록 보건과학대학원은 2002년 3월에 개원을 하였으나, 그 출발은 1993년 관리과학대학원(현재 정경대학원)에 보건관리학과가 설치되면서 시작되었다. 그 이후 1994년도에는 환경관리학과가 개설되어 보건환경분야에서의 직장인을 대상으로 하여 전문 교육이 야간에 실시되었다. 관리과학대학원내에서 보건 및 환경관리 분야의 교육이 이루어지게 되자 보건과학대학내의 다른 학과들도 직장인을 대상으로 하는 특수대학원 교육을 희망하게 되었다. 그러나 관리과학의 성격상 임상병리학이나 재활학을 포함시킨다는 것이 무리로 여겨져 새로운 대학원의 필요성을 인식하게 되었다.

이에 2001년 4월 보건과학대학원 신설을 요청하였으며, 2001년 7월 26일자로 교육인적자원부로부터 정원 20명으로 설립 인가를 얻게 되었다. 보건과학대학원이 새로 인가를 받음에 따라 관리과학대학원에 소속되어있던 보건관리와 환경관리학과의 신입생부터 보건과학대학원으로 이관되도록 함과 동시에 관리과학대학원의 신입생 정원 가운데 12명을 할당받아 입학생 기준으로 정원은 연간 32명이 되었다. 교육인적자원부의 설립 인가에 따라 구체적인 설립 준비를 위하여 동년 9월 5일에는 10명으로 설립준비위원회(위원장 오옥두)가 구성되어 학칙 제정에서부터 신입생 모집 등에 이르는 모든 준비 업무를 끝내고 동년 12월 5일에 신입생 모집을 끝내었다. 이어 2002년 3월 2일부로 신입생의 입학과 함께 보건과학대학원이 개원을 맞이하였으며, 초대 원장에는 보건환경대학원의 신설을 위하여 많은 활동을 한 보건관리전공의 이규식 교수가 취임하였다.

개원식은 3월 20일에 있었으며 21세기 보건과학분야의 새로운 리더십 창출을 보건과학대학원의 비전으로 설정하였다. 그후 보건과학대학원은 2003년 3월 재활학에서 인간공학치료학으로 전공명칭을 변경하였고, 2004년 2월 임상병리학에서 의생명과학으로 전공명칭을 변경하면서 현재의 보건관리학, 환경공학, 의생명과학, 인간공학치료학, 의공학전공의 5개 전공으로 개설되어 운영되고 있으며, 2003년 10월 제1기 의료·복지와 경영 고위자과정을 개설한 후 2011년 3월에 제6기 의료·복지와 경영 고위자과정이 개설되었다.